Ve dnech 10.-11. května 1945 Target Committee (Komise pro výběr cíle) v Los Alamos doporučila jako možné cíle Kjóto, Hirošimu, Jokohamu a zbrojní sklad císařské armády v Kokuře. Cíle byly vybrány podle následujících kritérií:

Cíl byl větší než tři míle (~ 4,8 km) v průměru a byl důležitým strategickým cílem v obydlené oblasti.
Výbuch musí vytvořit značné poškození.
Až do srpna 1945 nemělo být pravděpodobným cílem útoku konvenčními prostředky.[6]
„Jakékoliv menší, čistě vojenské cíle, by měly být rozmístěny na rozsáhlejším území v dosahu cíle, aby se tak vyhnulo nepatřičnému riziku, že by byla zbraň ztracena jen díky špatnému umístění bomby.“[6]