Po Sametové revoluci působil v rámci Občanského fóra v Táboře. V roce 1990 se vrátil jako pedagog na Filozofickou fakultu UK, kde vedl katedru andragogiky a personálního řízení. V současnosti vyučuje na Teologické fakultě Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích a na Vysoké škole obchodní a žije v Táboře.
Milan Nakonečný je autorem dlouhé řady odborných knih a článků z oblasti psychologie. Napsal však též několik knih a článků o fenoménu magie, články věnující se zejména dějinám 1. republiky, a knihu o organizaci Vlajka.

,
