Metoda zahřívání DNA a její porovnání s jinou DNA je založena na
principu denaturace a hybridizace. Probíhá v následujících krocích:
Denaturace DNA:
DNA je zahřátá na vysokou teplotu (obvykle kolem 94–98 °C), což
způsobí rozrušení vodíkových vazeb mezi bázemi a rozdělení
dvoušroubovice na dva samostatné řetězce.
Hybridizace (připojení):
Po ochlazení na nižší teplotu (50–65 °C) se ke ssDNA připojí
komplementární sekvence, pokud je přítomná. To je základem pro
porovnávání dvou různých DNA.
Srovnání DNA:
Pokud dvě DNA pocházejí ze stejných nebo podobných organismů, jejich
sekvence se mohou vázat na sebe (tvoří hybridy). Míra spárování
(komplementarity) je indikátorem genetické příbuznosti.