Millerův experiment má řadu úskalí.
- Prostředí které vytvořil bylo pouhým předpokladem.
- Podařilo se mu vytvořit pouhé 3 aminokyseliny z 20, které jsou obsaženy v živých buňkách.
- Experiment předpokládal redukční prostředí, protože přítomnost kyslíku by vznik aminokyselin neumožnily. Ovšem kvůli nepřítomnosti kyslíku by aminokyseliny zničilo kosmické záření.
- Ve vytvořeném přístroji byly vzniklé aminokyseliny okamžitě odváděny mimo prostředí, kdy byly syntetizovány.
- Vytvoření několika biogenních sloučenin ještě neznamená vytvoření života.
I kdyby obrovskou shodou náhod vznikly složité sloučeniny tvořící stavební kameny buněk, co by způsobilo vytvoření složitě strukturovaných organel a membrán, a hlavně, co by způsobilo jejich oživení?

