Toleranční patent neznamenal rovnoprávnost církví, spíš jen to, že
protestantské církve nebyly pronásledovány, ale trpěny. K rovnoprávnosti
dospěla až únorová ústava v druhé polovině 19.století, která zakotvila
občanské principy.
Jak toleranční patent, tak i únorová ústava vyvolaly ve společnosti řadu
konfliktů. Na některých místech došlo i k lokálním povstáním proti
zavádění josefínských reforem. Podobně po výdání ústavy vznikaly na
mnoha místech evangelické hřbitovy, protože katolické farnosti odmítaly
pohřbívat evangelické nebožtíky na dostud provozovaných hřbitovech. Je
zajímavé, že v Sudetech vznikalo méně evangelických hřbitovů než v
česky mluvících krajích.
Josefínské reformy byly typickými reformami shora a reakce na ně mezi
"obyčejnými lidmi" nebývala zrovna vstřícná. Stačí si přečíst
Jiráskovu Filosofskou historii , že názory na josefínské reformy byly ve
své době konfliktní.