Jednou z nejstarších a přitom nejefektivnějších je takzvaná hybridizace DNA. Právě tento postup stojí obvykle v pozadí tajemných novinových titulků typu „Člověk a šimpanz sdílí 98 % svých genů“.
Zahříváte-li postupně DNA, dojdete k bodu (někde kolem 85 °C), kdy se
vazba mezi oběma řetězci dvojšroubovice DNA přeruší a jednotlivé
řetězce se od sebe oddělí. Můžete si to představit jako jakýsi bod
tání. Když směs zase zchladíte, každá šroubovice se opět spontánně
spojí s nějakou další, dokud nachází nějakou, se kterou se může
párovat podle základních pravidel párování bází v dvojšroubovici DNA.
Člověk by si myslel, že každá šroubovice si najde svého původního
partnera, od kterého byla oddělena a s nímž samozřejmě páruje na 100 %.
Může tomu tak sice být, ale obvykle to nedopadne takhle úhledně.
Rozptýlené fragmenty DNA totiž mají většinou po ruce jiné fragmenty, se
kterými mohou nějak párovat. Pokud přidáte oddělené kousky DNA jiného
druhu, jednotlivé odpovídající sekvence se spolu „zazipují“ podle
podobnosti bez ohledu na to, jakému druhu ten který fragment DNA původně
patřil. Z Watsonovy a Crickovy revoluce v molekulární biologii vyplývá
pozoruhodný závěr, že DNA je prostě jen DNA. Je jí lhostejné, jestli
pochází z člověka, šimpanze nebo z jablka. Jednotlivé fragmenty se budou
vesele párovat s komplementárními úseky DNA, kdykoli a kdekoli je najdou.
Nicméně síla vazby nebude vždy stejná. Jednovláknový
úsek DNA se poutá ke komplementárnímu řetězci tím silněji, čím si jsou
podobnější. To proto, že v opačném případě si mnoho z DNA „písmen“
(Watsonových a Crickových bází) nenajde protilehlého partnera, s nímž by
mohla vytvořit vazbu. Celková síla vazby obou řetězců navzájem je pak
oslabena – jako když máte zip, v němž chybějí některé zoubky.
Nicméně celá věc má malý háček. Představte si, že srovnáváte dva
vedle sebe položené texty. Když bude v jednom z nich chybět nebo naopak
přebývat nějaké písmeno, dojde k tomu, že takový text se vůči druhému
„posune“, takže všechna následující písmena si již nebudou
odpovídat, neboť budou posunuta vůči správné pozici o počet
chybějících nebo naopak přidaných písmen. Odhad vzájemné
podobnosti pak může být značně zkreslen. Prostě je to hra s
čísly, aby si evolucionisté udělali jeden falešný zářez 

,